鴉片戰爭後，中國產生巨大變化，是中國歷史三千年來的大變局，東西方的軍事衝突，擴及中國的政治、經濟、文化和社會各個層面，也擴大了中國人的世界觀。清道光以後，中國思想界產生相當的挑戰及回應，其中最重要的即現代化運動，然而，整體而言，整體化並未獲得具體成功，理由包括：政治上缺乏效率和組織推動現代化；經濟力不足以推展工業現代化；若干文化的質素跟現代社會的扞格，阻礙了現代化的走向。
清道光門戶洞開以後，清代思想不僅受到西方衝擊，也受到傳統衝擊，前者產生西化或西學；後者帶來中國文化的反思。公羊學復興代表了傳統思想當中，批判性儒學的再現，使得批判性的行動，和內在道德結合，為批判的政治環境，提供了堅實合法性的基礎。換句話說，春秋公羊學和清朝末年的時代變革，有互動及關聯。
王艮講學以格物為宗旨，對於「格物」二字，他有非常獨特的解釋，認為格物就是認識身與國家天下的關係，身是本，天下國家是末，這樣的思想與王陽明的良知學說一樣，對於主觀的身和客觀的天下國家認識上，比較重視心的思想。王艮認為，良知是人人具有的天性，不假安排，所謂良知即傳統的道德觀念，把良知說成是人人都有的天性，就發揮了良知的真實性，把傳統道德說成普遍的人性，從而證明人人皆該遵守傳統道德。
王艮向社會階層較低的人中間去傳播王陽明的學說，去影響這些人。
王艮非常重視孝道，又主張容忍，認為能容得天下人而後能教得天下人，惡則容之，則惡自化。他的政治主張，一方面要加強傳統道德教育，一方面要滿足人民衣食需求。
李卓吾中年以後，思想受到王學和佛學影響，晚年講學，生活所需仰賴有錢人及宦官供養，思想上充滿矛盾特質。政治上，他嚮往黃老無為而治的思想，對於當時上層利用儒學統治私欲，表達不滿，他主張的無為不是消極的、無所作為的，而是要統治者避免過多地干擾百姓，過多地用嚴刑峻法和禮教束縛百姓，該讓百姓各得其所。
王廷相在士大夫中，正直思想非常強，自然科學和音律學頗有研究。他的思想，在世界觀、本體的角度和認識論的角度，自有特殊見解；在方法論上，有發展變化的觀念。
他以氣做為根源，反對以空無解釋氣，他認為氣是實有物，是客觀存在，是理產生的客觀基礎。他更進一步認為，有氣而後有天地，有天地而後有氣化，有氣化而後有人、有萬物。
在人性論方面，王廷相反對宋儒把人性分為氣質之性和本然之性，而從知覺活動上說明人性的形成。他反對孟子的性善說，他認為人性有善有惡，人性之所以有善有惡，是因為氣有清濁之分，但眾人氣濁之惡可通過教育來改變。
他提倡聖賢經世之學的重要性，反對虛靜空談。
黃宗羲是繼承陸王系統往前發展最重要的思想家，在本體論方面，一面強調，天地之間只有氣更無理，另一方面又總結了心和氣的命題，繼續開展了王陽明、劉蕺山系統以下的心學意涵，深化了心的本體意義。
在著作「明夷待訪錄」中，黃宗羲提出中國政治全面反省，把孔孟以來的民本思想，提升到無與倫比的高度。
王夫之直接承繼張載之學，總結程朱陸王，而締造出龐大的哲學體系，他非常反對宋明理學末流所帶來空疏浮泛的弊端，希望能面對人真實存在的現實性。王夫之更為可貴的是，他不只注意到具體性和現實性，而且也注意到歷史的縱深與高度。
王夫之強調道氣合一，並非只是空洞地結合形而上的道和形而下的氣，而是就現實層面，說兩者合而不離。他的道氣合一隱藏著一套非常特殊的方法論。
王陽明是明朝最重要的思想家，也是道德與事功合一的學者。「傳習錄」三卷最足以代表他的主要哲學思想。
王陽明的哲學思想主要承繼陸象山的心學系統，更進一步發揮陸象山「宇宙便是無心，無心即是宇宙」的思想，他認為，心的本體是無所不該，客觀事物的存在是人主觀作用的結果，都是依著人的心所造就出來的。在他看來，心未知覺到的東西，是不存在的。他把唯心思想推到了頂端，而連繫這個思想最重要的就是「致良知」學說。他主張人該去除私欲以恢復本心，這就得用上致良知的功夫，格物即格心、正心，即去除物欲的昏蔽。
從致良知的觀點，王陽明又提出知行合一的思想，所以他反對朱熹的「外心以求理」。王陽明的「行」不是指實踐，而是指致良知的功夫，所以還是「知」。一念發動處就是「行」，因此知與行都是致良知。
明朝中葉理學的發展，是以王陽明的學術思想為中心，逐漸開展出來，但是王門諸子，人多且紛雜，對於良知所見亦有所不同，因著學術思想的發展，各個派系就有不同見解，形成各種不同流派。
王門諸子講致良知之學，到了中葉以後，可觀又盛極一時。王學思想到了晚期漸漸產生流弊，王陽明的學生各執一偏，都沒有真正把握王陽明思想的宗旨，許多學者大肆批駁王陽明的學術思想。
晚明政治頹敗，對理學發展多有影響，王陽明思想是心學，到了明朝末年，流寇紛擾，天下騷亂，能夠把握王學思想的，還會高談心性，卻流於空疏浮泛，不切實用，無益於國際民生。東林學一方面受到王學影響，一方面也批評王學，而主張實踐之說。
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