教父哲學時期，首先興起的是「知識主義」(Gnosis)，主張信仰亦是知識研究的對象，天國的奧秘可經由知識獲得，宗教教義不但不違反理性，理性還可以了解教義。因此這一派把教義知識化。代表人物有：瓦倫迪諾斯(Valentinus)、馬其盎(Marcion)、摩尼(Mani)。
教父中最偉大的哲學家聖奧斯定曾經沈迷逸樂，有十年的時間，他完全信服摩尼教，他覺得自己所行的善事與惡事，都是緣於宇宙本身即善惡交替。當時，摩尼教的信徒相當多，這一派植基於羅馬的民間宗教，對善與惡、凶與吉提出解答，能滿足人求福避惡的心理。聖奧斯定後來接觸到教會中許多神師及聰明才智比較高的人，才化解了他的思想，他明白，人不能用這些理論為自己的惡行辯護，上主的恩寵是必不可少的，他因此擺脫了摩尼教的束縛。