大學裡如何分科分院？當時的知識分子往經典裡去尋找。不管研究什麼學問，最開始都是以人為主，討論人是什麼，這就是人文學院；接著討論人與人之間的關係，這形成了社會學院；上帝把世界託給亞當厄娃管理，必須探討人與物之間的關係，這就成了自然科學院。這三個學院成為當時大學研究內容中基本的「三」。至於人與上天之間的關係，由神學院討論；此外還有醫學院，研究人跟自己肉體之間的關係。日後世界上的綜合大學，必定包括以上五個學院。
修會的會士在修院好好做學問，他們對人生、聖經和哲學的理解都高人一等，所以最早成立的大學，都是修會的會士，在大學教書，尤其是當時兩個大修會「道明會」與「方濟會」的會士。在十三世紀，大學與修會兩者相輔相成，最有名的教授都是修會會士，這也說明了當時宗教與社會的融洽，哲學與神學雖然分成兩個學院，卻能合作無間。